بدأت الكلية في مساق درجة الماجستير في العام الجامعي 1997/1998م بقبول طلاب الدفعة الاولى في الدراسة بقسمي الكيمياء الحيوية والاحياء الدقيقة , حيث كان عدد المقبولين في الدفعة الاولى تخصص كيمياء حيوية اربعة طلاب وعدد سبعة طلاب تخصص الاحياء الدقيقة .
وقد توالت الكلية في قبول الطلاب في مختلف التخصصات لتشمل :
علم الادوية والمداوة – النساء والتوليد – الجرحة العامة – طب المجتمع – الصحة العامة
الاطفال – الطفليات – علم الامراض – التمريض – العيون – التشريح – الانسجة – الباطنة العامة
الشهادات والدرجات التى تمنحها الكلية :
أولاً :درجة الدكتوراه :
- كيمياء حيوية
- الأحياء الدقيقة
- أمراض النساء والتوليد
- طب المجتمع
ثانياً :درجة الماجستير :
- الكيمياء الحيوية
- الأحياء الدقيقة
- علم الأدوية والمداواة
- أمراض النساء والتوليد
- الجراحة العامة
- طب المجتمع
- طب الأطفال
- تمريض
- أمراض العيون
- تشريح
- أمراض باطنية ( قلب)
- أمراض باطنية ( جهاز هضمي)