وهو المجلس الاعلى في الكلية ويقوم بدراسة الخطط المستقبلية لتطوير الكلية ويناقش قضايا تعيين المدرسين وترقياتهم وتسجيل أبحاثهم العلمية ومنحهم الموافقة على تلبية الدعوات الموجة لهم لحضور المؤتمرات والندوات العلمية خارج الجمهورية ومنحهم الإجازات (التفرغ العلمي) وكذلك تحديد مواعيد التسجيل والدراسة والامتحانات لكل عام تمهيدا لإقرارها في مجلس شئون الطلاب ومجلس الجامعة ويقوم باعتماد تسجيل خطط البحوث المقدمة من الطلبة لنيل درجتي الماجستير والدكتوراه في الكلية واعتماد تحديد المشرفين على الطلاب واعتماد تشكيل لجان مناقشة الرسائل العلمية واعتماد نتاجهم , واعتماد تحديد التخصصات الدقيقة لهم بعد إقرارها في مجالس الاقسام والرفع بها لاعتمادها في مجلسي الدراسات العليا والجامعة
ويقوم المجلس باختيار أحد اعضائه ليتولى مهمة أمين سر المجلس في اول اجتماع لمجلس الكلية من كل عام جامعي ويصدر بتشكيل المجلس قرار من رئيس الجامعة بداية كل عام جامعي

مجالس الاقسام العلمية :

لكل قسم علمي بالكلية مجلس يسمى مجلس القسم , وهو المجلس الاعلى في القسم :

  • يناقش قضايا تعيين المدرسين وترقياتهم وتسجيل أبحاثهم العلمية ومنحهم الموافقة على تلبية الدعوات الموجهة لهم لحضور المؤتمرات والندوات العلمية خارج الجمهورية ومنحهم الاجازات (التفرغ العلمي).
  • يقوم بدراسة الخطط المستقبلية لتطوير القسم , كما يناقش تحديد مواعيد التسجيل والدراسة والامتحانات لكل عام تمهيدا لإقرارها في مجلس الكلية ومجلس شئون الطلاب ومجلس الجامعة .
  • يقوم باعتماد تسجيل خطط البحوث المقدمة من الطلاب وتشكيل لجان للمناقشة العلنية لهؤلاء الطلاب واعتماد نتائجهم ومنحهم الشهادات وتحديد التخصصات الدقيقة التي درسوها تمهيدا لاعتماها من قبل مجلس الكلية ومجلس الدراسات العليا ومجلس الجامعة

ويتكون  مجلس كل قسم من:-

  • رئيس القسم العلمي                                                                 رئيس المجلس
  • اعضاء هيئة التدريس بالقسم الحاصلين على درجة دكتوراه  فأعلى       أعضاء للمجلس


ويختار المجلس أحد اعضائه ليتولى مهمة أمين سر  المجلس في اول اجتماع لمجلس القسم من كل عام جامعي.

مركز تطوير التعليم الطبي

يعتبر إنشاء مركز تطوير التعليم الطبي والذي أنشى بقرار رئيس الجامعة رقم  672, 673 للعام  2002م حدثاً مهماً في الكلية حيث انه يختص بمراجعة مناهج الكلية وتدريب أعضاء هيئة التدريس على وضع وتطوير البرامج التعليمية وعلى الأساليب الحديثة في عمليتي التعليم والتعلم كما أن من واجباته التشجيع على وضع وتنفيذ خطة التعليم المستمر ويشرف المركز على مكتبة الكلية ووحدة الوسائل التعليمية وقاعات الدوريات ووحدة الحاسوب ومجلة جامعة صنعاء للعلوم الطبية.